Lietuvos krikšto išvakarėse, 1386 m., Lietuvos didysis kunigaikštis Jogaila pradėjo parapinės Šv. Jonų bažnyčios statybą, kuri baigta 1426 m. Gaisrų nuniokotą bažnyčią 1571 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Žygimantas Augustas perdavė Vilniaus jėzuitų kolegijai, kuri rekonstravo pastatą, jį prailgindama į gatvės pusę; nuo 1579 m. bažnyčia priklausė Vilniaus universitetui. 1600–1610 m. pastatyta mūrinė varpinė. 1655 m. Skaityti plačiau.
