Kapinės įsteigtos 1791 m., prie Šv. arkangelo Rapolo bažnyčios įkūrus parapiją. XVIII a. pab. kapinėse buvo pastatyta mūrinė koplyčia. Kai 1812 m. Šv. arkangelo Rapolo bažnyčios parapija buvo perkelta į Šv. Jokūbo ir Pilypo bažnyčią, kapinės buvo apleistos. Buvo suardyta jų tvora, pradėtas kasti ir vežti molis ir smėlis. Kapinėse mažai beliko vietos laidoti. 1828 m. generalinis vizitatorius įpareigojo bažnyčios kleboną kapines sutvarkyti, jas aptverti. 1830 m. kapinės buvo aptvertos kuolais, įrengti vartai. Apie 1844 m. atstatyta kapinių koplyčia. Kapinės Vilniaus gubernijos valdybos 1866 ir 1868 metų įsakais buvo uždarytos, tačiau ir po uždarymo dar kurį laiką buvo laidojama. XIX a. pab. kapinės buvo labai apleistos, reikėjo remontuoti koplyčią.
1903 m. Vilniaus generalgubernatorius davė leidimą kapinių sutvarkymui. Šv. arkangelo Rapolo bažnyčios klebono Ambraziejaus Šulco pastangomis kapinės buvo naujai aptvertos, sutvarkytos, restauruota koplyčia. Tuo metu kapinėse buvo likę 14 antkapinių paminklų. Pavieniai asmenys buvo laidojami ir XX a. pr. Pokario dešimtmečiais kapinių teritorija nebetvarkyta. XX a. 8 dešimtmetyje kapinių šiaurinė ir rytinė dalis sunaikintos, vykdant statybos darbus. Išliko tik kapinių koplyčia. 1989 metais Lenkų Sąjungos iniciatyva centrinėje kapinių dalyje buvo pastatyti trys nauji metalinio vamzdžio kryžiai ir supilti simboliniai kapų sampilai 1944 metais žuvusiems trims Armijos Krajovos kariams. 1991-1992 metais vykdyti Neries dešiniojo kranto ir kapinių žvalgomieji archeologiniai tyrimai. XX a. 10 dešimtmetyje kapinių koplyčioje buvo įrengtos kūrybinės dirbtuvės. 2006 m. koplyčią perdavus armėnų religinei bendruomenei, įsteigta Šv. Vardano armėnų apaštališkoji bažnyčia.
Informacijos šaltiniai:
- Girininkienė, Vida. Vilniaus kapinės. – Vilnius, 2004. – P. 60-61.
- Šventojo arkangelo Rapolo parapijos senųjų kapinių dalis.
- Vilniaus senosios kapinės, vad. Šv. arkangelo Rapolo kapinėmis.