Pagal legendą, bonifratrų, Šv. Dievo Jono brolijos vienuolių, vienuolynas pastatytas apie 1332 m. nukankintų pranciškonų palaidojimo vietoje. Čia stovėjusi medinė bažnytėlė, kuri 1533 m. sudegė. 1543 m. Vilniaus vyskupas Povilas Alšėniškis šioje vietoje pastatydino Šv. Kryžiaus koplyčią. Bonifratrus prie Šv. Kryžiaus koplyčios 1635 m. įkurdino Vilniaus vyskupas Abraomas Vaina, užrašęs vienuoliams ne tik bažnyčią ir prie jos buvusius pastatus, bet ir 10000 auksinų. Pagrindinis vienuolyno pastatų kompleksas susiformavo XVII-XVIII amžiaus pradžioje. Jis jungė vienuolyną, ligoninę ir pagalbines patalpas, ligoninė buvo įrengta pirmame, celės-antrame aukšte. Nuo 1651 m. vienuolyną globojo vyskupas Jurgis Tiškevičius (1596-1656 m.).
Bene labiausiai bažnyčią garsino jos viduje, netoli įėjimo buvęs šulinėlis, kurio vanduo, tikėta, turėjo gydomųjų galių. Vienuolynas uždarytas 1843 m. Bažnyčią perėmė kunigai pasauliečiai. 1903 m. ligoninė perkelta į Naująją Vilnią. 1909 m. bažnyčia remontuota. 1924-1940 m. vienuolyno veikla buvo atgaivinta, atidarytas noviciatas, vienuoliai dirbo jų atkurtoje senelių prieglaudoje, atidarė vargšams valgyklą „Caritas”. 1949 m. bažnyčia uždaryta, vienuolyno pastatas priklausė įvairioms kultūros įstaigoms. 1976 m. bažnyčioje įrengta koncertų salė, vienuolyno pastatuose – butai. Nuo 1995 m. pastatai perduoti Nekaltai Pradėtosios Švč. Mergelės Marijos Vargdienių seserų kongregacijos vienuolėms, vienuolynas remontuotas. Į bažnyčios didįjį altorių sugrąžinti stebuklingu laikomas Švč. Mergelės Marijos paveikslas ir Nukryžiuotasis, tarybiniais metais saugoti Vilniaus Šv. Onos bažnyčioje.
Informacijos šaltiniai: