1912 m. gegužės 26 d. pirmą kartą vadinamojoje „Filarmonijos“ salėje įvyko O. Dymovo pjėsės senaja žydų kalba „Klausyk, Izraeli!” premjera. Teatro ivrito kalba sukūrimo idėją iškėlė Naumas Cemachas dar 1911 m. Balstogėje kur jis tuomet gyveno. Surinkęs neprofesionalių aktorių trupę, Cemachas pradėjo statyti spektaklį. Gardino gubernatorius neleido rodyti spektaklio, todėl Cemachas jį parodė Vilniuje. Vėliau visa trupė išvažiavo į Varšuvą. Dar kartą trupė į „Filarmonijos“ salę sugrįžo 1914 m. rugsėjį pasivadinusi „Habima“. Vaidino O. Dymovo pjesę „Amžinasis klajūnas“.
1913 m. pigios valgyklos salėje tame pačiame pastate atidaryta kino salė, kurioje rodydavo filmus apie žydų gyvenimą Palestinoje.
1918 m. rugsėjo mėnesį, gavęs leidimą iš vokiečių valdžios, „Filarmonijos“ salėje pradėjo veikti pirmasis žydų tautinis teatras Lietuvoje vadovaujamas Naumo Lipovskio.
1924 m. sausį „Filarmonijos“ salė buvo išnuomota sporto – gimnastikos bendruomenei „Makabi“. Nuo tada „Filarmonijos“ salė pradėta vadinti „Makabi“ sale. Vilniaus „Makabi“ organizacija veikė dar iki Pirmojo pasaulinio karo, o 1916 m. savo veiklą atnaujino. „Makabi“ organizavo gimnastikos, futbolo, stalo ir lauko teniso, slidinėjimo, turizmo sekcijas, bet taip pat buvo kultivuojamos ir kitos sporto šakos: boksas, ledo ritulys, irklavimas, lengvoji atletika, tinklinis, šachmatai. „Makabi“ salėje grafikas buvo intensyvus, kas valandą vyko sporto treniruotės. Salėje vakarais vykdavo šokiai, pobūviai – maskaradai, koncertai kartais iki 5 valandų ryto. „Makabi“ turėjo ir pučiamųjų orkestrą.
1932 m. dėl laiku neužmokėto nuomos mokesčio „Makabi“ turėjo išsikelti, ir kitais metais salę užėmė žydų teatras „Unzer teater“, atlikęs vaidinimus jidišo kalba. Salėje buvo 390 vietos parteryje ir 300 vietų balkone.
1939 m. sausį buvusioje teatro salėje atidarytas kino teatras „Mūza“, sovietmečiu pervadintas „Pionieriumi“. 1988 m. Sąjūdžio laikais kino teatro pastatas perduotas Lietuvos kultūros fondui, kuris turėjo čia sukurti žydų muziejų. Lietuvos žydų kultūros draugija ėmėsi šio darbo. 2002 m. po kapitalinio remonto (architektas – Leonidas Merkinas) čia įsikūrė Vilniaus Gaono valstybinio žydų muziejaus Tolerancijos centras, kuriame vyksta vakarai, konferencijos, knygų pristatymai, filmų demonstracijos, parodos, demonstrojamos nuolatinės ekspozicijos: „Žydų gyvenimas Lietuvoje“, „Išgelbėtas Lietuvoje žydų berniukas pasakoja apie Šoa“ ir kitos. Pirmame ir antrame aukštuose yra memorialinės lentos – viena skirta Antanui Ulpiui, po karo gelbėjusiam žydų knygas, laikraščius ir JIVO dokumentus, kita – žydų savanoriams, 1918 – 1920 m. kovojusiems už Lietuvos nepriklausomybę.
Dabartinio muziejaus steigėja yra Lietuvos Respublikos kultūros ministerija. Muziejus atkurtas Lietuvos Ministrų Tarybos 1989 m. rugsėjo 6 d. potvarkiu Nr. 177 p. 1991 m. vasario 13 d. LR Vyriausybės potvarkiu Nr. 56p į atkurtąjį Lietuvos Valstybinį žydų muziejų buvo gražinta dauguma eksponatų. Tais pačiais metais Kauno M. K. Čiurlionio dailės muziejus padovanojo išlikusius Kauno žydų istorijos ir etnografijos draugijos eksponatus. Šie eksponatai ir sudarė muziejaus rinkinių pagrindą. 1997 m., minint Vilniaus Gaono 200-ąsias mirties metines, muziejus buvo pavadintas Vilniaus Gaono vardu.
Informacijos šaltiniai:
- Apie muziejų.
- Г.Аграновский, И.Гузенберг. Вильнюс. По следам Литовского Иерусалима. Памятные места еврейской истории и культуры. -Vilnius, 2012. – P. 300 – 309.