1635 m. vyskupo Abraomo Vainos kvietimu į Vilnių atsikėlus vienuoliams bonifratrams šalia koplyčios stovėjęs 1618 m. pastatytas pastatas paverstas bažnyčia. XVI a. I pusėje portugalas Jonas Ciudad (vėliau tapęs šv. Dievo Jonu) įkūrė Bonifratrų (nuo lot. boni fratres – gerieji broliai) ordiną, kurio pagrindinė užduotis buvo gydyti ligonius. Ordinas sėkmingai veikė. Jau XVII a. geruosius brolius buvo galima sutikti dažname Europos bei Pietų Amerikos mieste. Kaip ir kitų tokio pobūdžio vienuolijų, taip ir Bonifratrų ordino nariai duodavo papildomą ketvirtąjį – rūpinimosi ligoniais – vienuolyno gyvenimo įžadą. Būtent XVII a., kai ordino plėtra buvo intensyviausia, gerieji broliai pasirodė Lenkijoje ir LDK. 1609 metais iškilo vienuolynas ir špitolė Krokuvoje, o 1635 m. bonifratrai įsikūrė Vilniuje, prie Šv. Kryžiaus bažnyčios. Iki XVIII a. pab. LDK buvo įsteigti dar 4 vienuolynai. Vilniaus konventas buvo pagrindinis bonifratrų centras LDK: čia veikė didžiausias vienuolynas, špitolė ir noviciatas (naujokynas) iš LDK kilusiems kandidatams į vienuolius.
1725 m. vietoje vieno pastatyti du mūriniai bokštai. Bažnyčia mažu tūriu ir kukliomis formomis skiriasi nuo kitų barokinių bažnyčių, pasižyminčių puošnumu. Po 1737 m. gaisro tarp jų įterptas raityto kontūro frontonas, įrengti altoriai, prie pagrindinio fasado pristatytas utilitarinis prieangis, dengtas vienašlaičiu stogu. Vėliau, po 1748 m. gaisro, altoriai ir bokštų šalmai perdirbti vėlyvojo baroko formomis. Bažnyčia yra stačiakampė vienanavė su presbiterija ir zakristija, kurios neišsiskiria iš vientiso tūrio. Bokštų viršutiniai tarpsniai papuošti mentėmis, užbaigti rokoko formų šalmais, su ovaliais langeliais ir ornamentuotais kryžiais. Vertingiausias bažnyčios interjeras, gausiai dekoruotas 1749 – 1754 metais. Savitos kompozicijos Didysis altorius, užimantis visą navos plotį. Jo šonuose įkomponuotos dvejos durys į zakristiją. Plastiška įmantri taurės formos sakykla, stovinti ant įgaubto mūrinio pjedestalo, laikoma dviejų angeliukų.
Kartu su pirmine bažnyčia pastatytas vienuolyno namas. Į rytinę ji dalį buvo inkorporuota Povilo Alšėniškio 1543 m. statyta koplyčia. Vakarinėje dalyje sumūrytas naujas korpusas su erdvia infirmariumo (ligoninės) sale, kuri jungiasi su bažnyčios prieangiu. Aukšte virš infirmariumo abipus koridoriaus buvo išdėstytos celės. 1949 – 1956 m. bažnyčios pastatas priklausė įvairioms įstaigoms. 1976 m. pagal architektų Auksės Eidukevičienės ir Jono Zibolio projektą bažnyčia restauruota, joje įrengta 130 vietų vadinamoji Mažoji baroko salė vargonų ir kamerinės muzikos koncertams, kuri priklausė LSSR filharmonijai. Nuo 1995 m. pastatai perduoti Nekaltai Pradėtosios Švč. Mergelės Marijos Vargdienių seserų kongregacijos vienuolėms.
Informaciją parengė:
Valdas Selenis
Informacijos šaltiniai:
- Bonifratrai – gydantys vienuoliai. // Orbis Lituaniae.
- Levandauskas, Vytautas. Bažnyčia. // Paminklų sąvadas. – Vilnius, 1988. – T.1, p. 313 – 315.
- Levandauskas, Vytautas. Vilniaus Šv. Kryžiaus (Bonifratrų) bažnyčia. // Lietuvos architektūros istorija. Nuo XVII a. pradžios iki XIX a. vidurio. – Vilnius, 1994. – T.2, p. 135 – 137.